Em 26 de Março de 2001 foi promovido um debate pelo Ministério da Agricultura, do Desenvolvimento Rural e das Pescas, através da Secretaria de Estado do Desenvolvimento Rural, em conjunto com as principais organizações privadas do sector hortofrutícola nacional, para discutir a criação de um Centro Tecnológico de Hortofruticultura.

Em 11 de Julho de 2001 foi constituído na forma de uma associação privada, tendo participado na sua fundação vinte e seis entidades, sendo dezoito Organizações Agrícolas, quatro Instituições de Ensino Superior, duas Entidades da Distribuição Comercial e dois Institutos Públicos.

Em 17 de Outubro de 2001 realizou-se a 1ª Assembleia Geral do COTHN onde foram eleitos os Corpos sociais.

Em 17 de Dezembro 2001 na 2ª Assembleia Geral foi assinado o Protocolo de Colaboração com o INIA que permite ao COTHN utilizar as instalações do Centro de Formação Profissional em Fruticultura e os serviços de um técnico superior da ENFVN em 20% do tempo.

Em 21 de Março de 2002 verificada a conformidade com o disposto no Despacho nº 20703/2001 (2ª série) o COTHN é reconhecido como Centro Tecnológico pelo GPPAA.