A criação do COTHN correspondeu a uma velha aspiração do sector hortofrutícola nacional, tendo sido apresentado o actual projecto em 26 de Março de 2001, por debate público entre todos os parceiros. O debate público foi promovido pelo Ministério da Agricultura, do Desenvolvimento Rural e das Pescas, através da Secretaria de Estado do Desenvolvimento Rural, em conjunto com as principais organizações privadas do sector hortofrutícola nacional (participaram neste debate para além da SEDR os Centros Operativos do Regadio e de Citricultura).